畜禽養殖污染治理應按照“源頭削減、清潔生產、資源化綜合利用，防止二次污染”要求，推廣生物發酵床、“畜沼菜”、“畜沼果”等畜禽養殖廢棄物綜合利用實用技術。
根據養殖種類、養殖規模、自然環境條件以及排水去向等因素可選取以下畜禽養殖污染治理工藝技術模式。
種養結合模式：主要有“豬—沼—果”、“豬—沼—菜”等。建立與種植業緊密結合的畜牧業生態經濟體系。將沼氣和有機肥系統與養豬、種果樹、種菜結合。
養養結合模式：主要有“豬—沼—魚”共養等模式。
養種養結合模式：主要有“養—養—種”模式，利用豬糞尿及沼液養魚等，水面種植水生植物；“養—種—養”模式，主要為豬糧結合，用豬糞尿種植糧食作物，利用糧食發展養殖業；還有“養豬—種桑—養蠶—養魚”、“養豬—種草—養魚”、“養豬—豬食用菌—菌糠養畜”、“養豬—種草—養畜”、“豬—沼—草—魚”等。
治理的基本工藝流程是：雨污分流→干濕分離→沼氣池（或厭氧反應器）→（生化池）→氧化塘→人工濕地→農田灌溉或達標排放。
① 雨污分流：將雨水與排泄物、沖洗圈舍的排放管（溝）道分開，各行其道。雨水通過溝渠直接排放到自然溪溝，進入河流。糞尿及沖洗液經糞溝或專用管道輸入治污系統，實現污染物達標排放。
② 干濕分離：每棟圈舍設排糞溝，出口設柵欄過濾。干糞在圈舍內或排糞溝收取，經排糞通道送至干糞處理池。干糞池上能遮雨，池內不滲漏；干糞處理池每個養殖場不少于2個，交替使用；每個干糞池的容量不得少于1個月的干糞儲存量。干糞進入池內，在微生物的作用下通過1個月以上的發酵處理，使其疏松并殺死其中的病原微生物，作為有機肥使用。
③ 沼氣厭氧處理：沼氣池的容量要與規模養殖相適應，一般每百頭豬存欄量不得少于20立方米，養殖廢水進入沼氣池，經15天的流轉，在厭氧條件下經微生物降解，轉化為甲烷、二氧化碳等，并殺滅污水中的病原微生物。
④ 二級生化處理：生化池內的容量不得低于沼氣池的容量。生化池內裝入活性載休填充材料，其作用是通過水解、發酵對有機物進行分解，把有機物分解為簡單的無機物，經生化池處理后的污水排入氧化塘。
⑤氧化塘處理：污水在氧化塘內進一步得到凈化處理，經氧化后的污水進入人工濕地。
